Investigación Financiada con Recursos Públicos

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25 años de luchas sociales en Colombia, 1975 - 2000
(2000) Delgado Guzmán, Álvaro; García Velandia, Martha Cecilia; Prada Mantilla, Esmeralda; Archila Neira, Mauricio
37 modos de hacer ciencia en América Latina
(1997) Jaramillo Salazar, Hernán; Fundación Instituto de Desarrollo Autogestionario.
37 modos de hacer ciencia en América Latina.
(1997-01) Gómez Buendía, Hernando; Jaramillo, Hernán
No hay modernidad sin ciencia ni hay desarrollo económico sin tecnología. Así, en el atraso científico y tecnológico estuvo siempre el germen de nuestra marginación, el origen secreto de la premodernidad y la subproductividad de América Latina.
A biotechnological approach to the development of animal models for biological and medical applications-development and evaluation of molecular probes andimmonoreagents for tha hamster model
(2002) Osorio, Yaneth; Arteaga, Lourdes; Gore Saravia, Nancy; Centro Internacional de Entrenamiento e Investigaciones Medicas.
A comprehensive genomic and transcriptomic analysis of dimorphic human pathogen fungi and its relation with virulence.
(2018) McEwen Ochoa, Juan Guillermo; Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB) (Medellín, Colombia); COL0000962 - Biología Celular y Molecular CIB/UdeA/U del Rosario, 1 - Fungal Genome sequencing and analyses, 2 - Escuela de Medicina y Ciencias de la salud, 3 - Facultad de Medicina
The ascomycete order Onygenales includes most dimorphic fungi that are pathogenic to humans. The most virulent of these fungal pathogens are found in the genera Paracoccidioides, Histoplasma, Blastomyces (family Ajellomycetaceae) and Coccidioides, which all have special medical relevance for South and/or North America. Paracoccidioides brasiliensis is endemic in Latin America where it is the third leading cause of death from chronic infection in particular countries and Histoplasma capsulatum is endemic in the United States where it is the most common cause of fungal respiratory infections in healthy individuals. These organisms share a close evolutionary relationship and common strategies of pathogenesis. However, despite the high incidence of infection with thermally dimorphic fungi, there is little understood about the molecular virulence mechanisms utilized by these organisms to manipulate disease progression in the host. A central line of research on Paracoccidioides, Histoplasma and other dimorphic human pathogenic fungi at the genome and gene level is the identification and characterization of virulence factors or molecular traits that make this fungus pathogenic and could be used as a lead for the design of vaccines, drugs and diagnostic methods. Sequencing of genomes and transcriptomes and subsequent comparative analysis is a particularly straightforward way to exhaustively scan and characterize species or individual strains of interest for this purpose. We propose to approach these endemic pathogens from an advanced and previously tested comparative genomics and transcriptomics framework. Two very recent advances make this an opportune moment to fill the remaining knowledge gap in a systematic way. The first is that next-generation sequencing has become inexpensive, and now it is more attractive to sequence the genomes of multiple isolates (population DNAseq) or the transcriptomes of multiple conditions (RNAseq) both allowing comparative analysis. The second is that for the Ajellomycetaceae family there are now several references genomes of the dimorphic pathogens Paracoccidioides, Histoplasma and Blastomyces and also genomes from non or less pathogenic species from the same family comprising Emmonsia parva, E. crescens, E. pasteuriana, Spiromastix grisea and Polytolypa hystricis. Part of those genomes were assembled, annotated and analyzed by our group in collaboration with the Broad Institute in previous and current projects allowing us to obtain the know-how for genome-based studies. Both recent advances showed that is a perfect moment for our group to continue this avenue of comparative genomics and functional genomics on the dimorphic pathogenic fungi Paracoccidioides and Histoplasma, including strategies such as RNAseq and transcriptional profiling. Here we propose to sequence the genomes (DNAseq) of isolates with particular phenotypic and geographic location as well as transcriptomes (RNAseq) of reference strains of P. brasiliensis and H. capsulatum in a comparative population and functional genomics approach. By performing genome and transcriptome based studies we expected to achieve success in this multi-target project allowing us: 1) to update and to improve the reference genome assemblies and annotations of Paracoccidioides and Histoplasma; 2) to identify differential molecular traits and mechanisms related to the pathogenesis and virulence of H. capsulatum and P. brasiliensis via comparative genomics (gene gain/losses, family expansion/contractions, etc) with other closely related pathogens and non-pathogens of the Ajellomycetaceae family, and via population genomics analysis within isolates of the same species with particular interesting phenotypes, source or location (SNPs analysis, recombination analysis, selection analysis) and 3) to identify differentially transcribed genes between host simulated and non-host condition that could be related with fungal virulence and pathogenicity.
A gene atlas for human pathogenic fungi.
(2017-05-19) Keatinge Clay, Oliver; Universidad Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario (Bogotá, Colombia)
In recent years there has been a dramatic increase in the number of fully sequenced and annotated unicellular fungi. Many of these fungi are human pathogenic fungi, and a major motivation for their sequencing was a need to ultimately have a reliable set of protein-coding genes, and their DNA and encoded protein sequences. Unfortunately, in a number of the medically important fungal species and their sequenced strains, the quality of the genes' protein-coding sequences, and the automated predictions of exactly where they are located on the chromosomal sequence or contig (coordinates of start, stop, and exon/intron boundaries) are not yet satisfactory, for a large percentage of the genes. Consistency checks are needed, which may then suggest re-annotation, and in some cases resequencing or imputing of unidentified/missing nucleotides in order to reveal the true gene structure. Two very recent advances make this an opportune moment to fill the remaining knowledge gap in a systematic way. The first is that in some parts of the fungal tree, there is already a high phylogenetic density of fully sequenced, annotated genomes, allowing alignment of genes and imputation with high confidence. The second is that affordable Illumina next-generation sequencing (NGS), delivering paired short reads, has now increased its read lengths to above 100 bp as well as the quality of the reads (i.e., ease of NGS-only assembly and accuracy) and the throughput one can expect at a reasonable cost. We propose to construct a sustainable, expandable, human-curatable and easily modifiable prototype database system to hold fungal gene sets (alignments of orthologous or homologous coding sequences) for the nuclear and mitochondrial protein-coding genes of species sequenced by our group and by other sequencing centers. For the prototype we will construct and test by ongoing use in this project, we propose to populate the database with the human pathogenic and other fungi of the Onygenales order, which includes important (primary) pathogens endemic in South and/or North America such as the dimorphic fungi Histoplasma capsulatum, Coccidioides spp., Paracoccidioides brasiliensis, and Blastomyces dermatitidis; as an 'outgroup' we will also include another clinically important group within the ascomycetes, such as the genus Aspergillus. The protein-coding gene sets of these taxa will be carefully corrected and curated, by imputing unidentified/missing nucleotides via alignment and re-annotation where this is possible, and by sequencing 10 previously sequenced or unsequenced strains where the initial results indicate a need for higher sequence quality, or for complementing with additional species/strains in regions of the fungal tree. We will also use this work to bring the gene sets and approximately 10,000 expected alignments to the level of a gene atlas: for the selected (and later for additional) human pathogenic fungi, we will have curated descriptions of the roles of the genes (orthology classes) and associated metadata on them. The design, platform and database structure of the system will be consciously chosen to allow, as far as possible, efficient ongoing human curation that can be sustained also after the end of the 3 year duration of the project.
A growing absence of guauantees, situation of human rights and humanitarian law in Colombia, 1997-2003.
(Comisión Colombiana de Juristas, 2003-10) Comisión Colombiana de Juristas (CCJ)
The situation of human rights and humanitarian rights law in Colombia continues to deteriorate. Since May 1997, date on wich the Human Rights Committe analyzed the fourth periodic report presented by the Government of Colombia, violations of humans rights and breaches of humanitarian law have dramatically increased.
A mathematical model to describe the learning process to write Arabic numerals
(2014-04) Quimbay Herrera, Carlos José; Hurtado, Rafael Germán; Orozco Hormaza, Mariela; Guerrero López, Diego Fernando
We use results from cognitive psychology and statistical mechanics to describe the ordering process of children when learning to write numerical. Children of the same elementary school grade were asked to write in Arabic format dictated numerals in three sessions and the production of all children in each session was classified. The classification contains one class for the correct production and four classes for syntactic errors. Each class is characterized by the value of a quantity that is assumed to be discrete and valued from the order of appearance of syntactic errors in children's production. We call this quantity distance. The class containing the correct production has the minimum value for distance and the other classes have larger values. To model the system from a statistical mechanics perspective, we consider each class as a subsystem of a theoretical ensemble and define the spectrum of distance from three models, two of them with degenerate states and one using the quantum harmonic oscillator. We calculate the entropy and the temperature of the system and use them to describe the ordering process for children in the first three elementary school grades. We found that both temperature and entropy values reduce with time and that they can be used to describe the learning process of Arabic numerals.
Ablación laser como método de muestre para estudio espectroscópico de materiales de interés tecnológico: espectroscopia de carbones por la –ICP-AES
(2005) Mejia Ospino, Enrique; Cabanzo Hernández,Rafael
Ablación láser como método de muestreo para estudio espectroscópico de materiales de interés tecnológico : espectroscopía de carbones por la LA-ICP-AES.
(2005) Aya Ramírez, Orlando; Universidad Industrial de Santander (UIS) (Bucaramanga, Colombia)
El presente proyecto está enmarcado dentro de la actividad de investigación en Espectroscopía Atómico-Molecular que nuestro grupo de trabajo (LEAM) viene desarrollando a lo largo de los últimos años. El proyecto propone la implementación de la técnica de ablación laser como el procedimiento más moderno de muestreo de materiales de interés tecnológico para su estudio espectroscópico de elevada resolución espacial y temporal. La introducción de ésta técnica, completamente novedosa en el país, nos da la posibilidad de adelantar actividades de Investigación en espectroscopía de Superficies de elevada resolución sobre sistemas de complejidad variable, materiales tecnológicos, substratos biológicos, y aun determinaciones in situ sobre especímenes especiales o de mucho valor. Por otra parte, el proyecto se propone como la fase final de un programa de Caracterización espectroscópica de carbones cuyo objetivo general es el desarrollo e implementación de técnicas modernas para el estudio de la estructura molecular de carbones colombianos, utilizando los desarrollos teóricos e instrumentales de la espectroscopía moderna. Los resultados de este estudio se consideran fundamentales para la proyección de usos y procesos de transformación del carbón.
Abono verde y extractos de botón de oro (Tithonia diversifolia) para el control de hormiga arriera, Atta cephalotes (Hymenoptera: Myrmicinae).
(2010-10) Montoya Lerma, James; Universidad del Valle (Cali, Colombia); Centro para la Investigación en sistemas sostenibles de producción agropecuaria (CIPAV) (Valle del Cauca, Colombia); Grupo de Investigaciones Entomológicas (GIE)
En áreas agrícolas, forestales y aún urbanas del neotrópico, las hormigas cortadoras de hojas son los herbívoros más destructivos, su impacto es inmenso en todos los aspectos relacionados con la ecología de las plantas, pudiendo alterar desde la cantidad de luz disponible hasta el reciclamiento de nutrientes. En Colombia, de las once especies del género Atta, A. cephalotes (L), conocida como hormiga arriera, es la más abundante. La proliferación indiscriminada de esta especie es una de las consecuencias del inadecuado control y del deterioro ambiental en zonas comprendidas entre 0 y 1800 metros de altura. El rango de preferencia alimenticia exhibido por estas hormigas es bastante amplio, sin embargo, existen plantas que, a pesar de ser altamente abundantes en ciertos hábitats, son poco preferidas y pueden ocasionar diversos efectos adversos sobre sus colonias. Hallazgos experimentales realizados en la Universidad del Valle, sugieren que este es el caso con el botón de oro, Tithonia diversifolia. Basado en lo anterior se plantea la hipótesis de que existen metabolitos secundarios aún no determinados ni caracterizados químicamente que pueden estar ejerciendo un papel antagónico sobre el hongo de la hormiga. Esto puede darse como un efecto de los alcaloides presentes en el follaje y la flor y que, en forma pasiva, se incorporan en el área de influencia del cultivo del hongo endosimbionte. El presente estudio busca profundizar en los hallazgos de estudios previos y tomar un paso más hacia la búsqueda de los compuestos activos antifúngicos o formicidas. Primero, mediante ensayos de campo, debidamente aleatorizados, se plantea evaluar el efecto que puede tener la aplicación de un abono verde de botón de oro (T. diversifolia) sobre los nidos y la actividad de las hormigas y, específicamente, establecer si la descomposición de este abono puede alterar la composición físico-química del suelo del nido así como la estructura microbiana, en particular la de la micobiota asociada a los nidos. En total se emplearán 30 nidos entre tratamientos y controles. Segundo, a partir de hojas y flores secas de T. diversifolia y empleando técnicas estándares de laboratorio se obtendrán los extractos crudos de esta planta. Mediante dos experimentos en laboratorio (discos de difusión y aspersión directa) se evaluará su capacidad de inhibir o afectar negativamente el crecimiento de Leucoagaricus sp., el hongo simbionte de los hormigueros. Se evaluará el área de inhibición del hongo a las 48 y 96 horas y se determinará la concentración óptima de inhibición. Adicionalmente, haciendo uso de la técnica de cromatografía de capa delgada, se procederá a la separación cualitativa de los componentes activos de los extractos. Una vez identificados, se evaluará, a través de bioensayos controlados en el laboratorio, su actividad a manera de cebos, sobre la dinámica de forrajeo y mortalidad de colonias de A. cephalotes, su hongo, Leucoagaricus sp. o sobre ambos. Se espera así determinar el potencial de los extractos, incorporados en cebos, como elementos promisorios para el manejo y control de nidos de la hormiga en la naturaleza. A mediano y largo plazo, se busca visualizar un método alterno al químico convencional para el control de la hormiga arriera, que sea de utilidad para los campesinos del país y a su vez que minimice el daño causado por el abuso de los agrotóxicos al mejorar la calidad de los suelos para sus cultivos. El estado de la tecnología propuesta en el presente proyecto es muy incipiente, puesto que no se han publicado resultados relacionados con esta propuesta. Una vez se tengan evidencias suficientemente sólidas, se procederá a plantear el protocolo y difundir la innovación tecnológica.
Abordaje ecosistémico para el control de dengue en dos centros urbanos del Urabá Antioqueño.
(Instituto Colombiano de Medicina Tropical, 2011-12-23) Parra Henao, Gabriel Jaime; Instituto Colombiano de Medicina Tropical (ICMT) (Sabaneta, Antioquia); COL0013648 - Medicina Tropical; 00000000000 - Centro de Pesquisas Aggeu Magalhaes; 00000000001111 - Centro de Pesquisas Aggeu Magalhaes
Mediante la aplicación de la metodología del abordaje ecosistémico en salud, se pretende llevar a cabo un estudio de tipo investigación-acción en dos municipios del Urabá Antioqueño. Debido a que la actual metodología de vigilancia, prevención y control del dengue ha demostrado ser poco efectiva, se propone llevar a cabo la aplicación de un nuevo método alternativo de prevención y control que permitirá abordar la problemática del dengue desde un punto de vista multifacético y transdisciplinario. Se reconoce que la suficiencia técnica para el control de las larvas del mosquito y un buen manejo clínico son necesarias pero no suficientes para alcanzar el éxito. La experiencia sugiere que para lograr un control efectivo se deben tener en cuenta consideraciones sociales y ecológicas. Por lo tanto los esfuerzos dirigidos al control deben incorporar liderazgo, apropiación comunitaria y alianzas con y entre las instituciones gubernamentales. Mediante la aplicación de este método se pretende llegar a un conocimiento exacto de los determinantes del Macro y Microcontexto en los cuales se desarrolla la endemia del dengue en el Urabá y mediante el fortalecimiento de las redes sociales y el empoderamiento comunitario llegar a un diálogo de saberes que permita enfrentar la problemática del dengue desde todos los aspectos.
About the explanation of the production process from Arabic kinematic data on the performance of subjects
(2011) Guerrero López, Diego Fernando
It discusses the assumptions for the correct spelling of three-digit numerals derived from numerical models transcoding Power & dal Martello (1990) and Barrouillet, Camus, Perruchet & Seron (2004). It analyzes the inter-digit jump digits in 25 children in Grade I when correctly written three digits numerals, the results show a better fit to the model predictions of Barrouillet et al (2004), with longer inter-digit jumps in writing non-zero digits and shorter times before writing zero. Suggesting that the transcoding correct three-digit numerals, the entire string is stored in a buffer to be produced by graphomotor procedures and the time between digits does not reflect the syntactic structure of the Arabic numerals.
Abriendo espacios a lo viviente diverso y situado como escenario bioético en la institución educativa
(2014) Meneses Carmona, Daniel; Carvajal Freese, Ingeborg
This paper presents the conjuction of a exploration about the challenge of an education in and for diversity, the proposal of the living diverse and located as a bioethical and evolutionary matter in the educational institution and the display of experiences and constructs that middle and high school teachers have contributed with throughout the completion of a research project, devoted to the understanding of ethics and bioethics in the field of education.
Absorción intestinal de calcio en pacientes con raquitismo de la población de Suarez, Cauca, Colombia
(1999) Sierra Ramírez, Oscar; Peñaloza, Natalia; Alarcón, Yolanda; Zerwekh, Joséph E.; Abrams, Steven; Vergara, Nora; Novoa, Fernando; Ardila Ardila, Enrique
Abstracts Book : XXVI - SILAE 2017 Società Italo-Latinoamericana di etnomedicina y IX Congreso colombiano de cromatografía – COCOCRO 2017
(2017-09) Almanza, G.; Cano Caraballo, Jorge Luis; Cervantes Ceballos, Leonor; Courric, E.; Echeverri, L.; Erick, T.; Fernández C., Maritza; Galeano, E.; Gómez Estrada, Harold Alberto; Jotty Arroyo, K.; Martínez, A.; Melgarejo, E.; Mercado C., Jairo; Mesa, C.; Moneris, L.; Muñoz, D.; Ochoa, R.; Ortiz, C.; Pastrana, M.; Petro B., F. A.; Quiñones, W.; Robledo Restrepo, Sara María; Saéz, A.; Sánchez Hoyos, Jorge; Santafé P., G.G.; Serrano, M.; Silva, J.; Sterner, O.; Torres, E.; Torres, O.; Upegui, Y.; Vargas, E.; Velez, I.; Viloria Ospino, Erwin; Yepes, L.
Abundancia uso del hábitat y áreas de conflicto de delfines de río en la amazonía y orinoquia colombiana un ejemplo de sistemas de información geográfico aplicado a la conservación.
(2002-12) Trujillo González, Fernándo; Fundación Omacha (Bogotá, Colombia)
Los delfines de río son una de las especies de mamiferos más amenazadas en el mundo, debido a múltiples factores como degradación del hábitat, fragmentación, contaminación, capturas directas e interacciones negativas con pesquerías. En Colombia durante los últimos diez años se ha venido recogiendo información sobre ecología básica de las dos especies que habitan en la amazonía y orinoquia. Sin embargo, esta inforlación es de tipo puntual y aún no se ha integrado de manera que pueda hacerse un análisis global. Por esa razón, el presente proyecto pretende construir un sistema de información geográfico (GIS) de los delfines de río en Colombia basado en información sobre abundancia, uso del hábitat y actividades humanas que permitan identificar áreas prioritarias y amenazadas potenciales para estas especies. Este tipo de metodología ha demostrado ser de mucha utilidad para trascender de proyectos de pequeña escala, a proyectos de tipo regional. Tiene como ventaja particular, el crear mecanismos de cooperación entre investigadores de un mismo país y de otros, igualmente promover la estandarización de metodologías y la identificación de problemas de conservación a diferentes escalas.
Abundancia, ecología y comportamiento de delfines costeros en el Golfo de Morrosquillo, Caribe
(1997) Dussan Amaya, Carolina; Fundación Omacha.
Abundancia, uso del hábitat y áreas de conflicto de delfines de río en la Amazonía y Orinoquía colombiana :un ejemplo de sistemas de información geográfico aplicado a la conservación
(2002) Díazgranados Cadelo, María Claudia; Fundación Omacha.
Abuso infantil : un estudio exploratorio sobre las variables que lo predicen.
(1989) Ponce de León, Eduardo; Girardot, Yadira
El comportamiento agresivo, se define como la acción destinada a hacer daño a alguien o algo que nos rodea (Papalia, 1989). Inicialmente, la agresión se entendió como un impulso, o como la fuerza que orienta al individuo hacia los ataques verbales o diversas expresiones de hostilidad. Lo distintivo del concepto de agresividad, está en la intención de hacer daño.

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