Publication: Acoplamiento molecular in sillico de los componentes de aceites esenciales con las proteínas del virus del dengue
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Date
2013
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Abstract
Dengue virus (DENV) is an arboviral infectious agent, this currently has no specific treatment. The main objective of this work was to evaluate the in silico molecular docking of the major components of essential oils with anti-dengue reported with DENV proteins. For this purpose, proteins were downloaded from Protein Data Bank (PDB): C, prM, E, NS3, NS5 polymerase and NS5 methyltransferase. Components of essential oils, previously optimized, were coupled using AutoDock Vina with proteins prepared and optimized. Theoretical affinity values for the components of the essential oils on protein varied between -4.0 and -7.3 kcal/mol. The molecules α-copaene, β-bourbonene, germacrene D, spathulenol, β-caryophyllene, caryophyllene oxide and (+)-epi-bicyclosesquiphellandrene, all of nature sesquiterpene, were those that showed the greatest interaction with the proteins studied. The majority of the interactions between these molecules and proteins were DENV hydrophobic type. This study computational has permitted infer that all dengue virus proteins are potential targets for the concomitant docking of various compounds of essential oils.
Description
El virus del dengue (DENV) es un agente infeccioso arboviral, actualmente este no tiene tratamiento específico. El objetivo principal de este trabajo fue evaluar el acoplamiento molecular in silico de los componentes mayoritarios de aceites esenciales con reportada actividad anti-dengue con las proteínas del DENV. Para tal fin las proteínas fueron descargadas de Protein Data Bank (PDB): C, prM, E, NS3, NS5 polimerasa y NS5 metiltransferasa. Los componentes de los aceites esenciales, previamente optimizados, fueron acoplados empleando AutoDock Vina con las proteínas, preparadas y optimizadas. Los valores de afinidad teórica para los componentes de los aceites esenciales sobre las proteínas variaron entre -4.0 y -7.3 Kcal/mol. Las moléculas α-copaeno, β-bourboneno, germacreno D, spathulenol, β-cariofileno, óxido de cariofileno y (+)-epi-biciclosesquifellandreno, todas de naturaleza sesquiterpénica, fueron las que exhibieron la mayor interacción con las proteínas estudiadas. La mayor parte de las interacciones entre estas moléculas y las proteínas DENV fueron de tipo hidrofóbico. Este estudio computacional ha permitido inferir que todas las proteínas del virus del dengue son blancos potenciales para el acoplamiento concomitante de varios compuestos de aceites esenciales.