Estudio genómico, microbiómico y climático asociado al carácter patogénico de Endozoicomonas spp. sobre Cobia en el Caribe Colombiano.

Salazar Vallejo, Marcela

Publication:
Estudio genómico, microbiómico y climático asociado al carácter patogénico de Endozoicomonas spp. sobre Cobia en el Caribe Colombiano.

dc.contributor.author	Salazar Vallejo, Marcela
dc.contributor.corporatename	Corporación Centro de Investigación de la Acuicultura de Colombia (CENIACUA)	spa
dc.contributor.researchgroup	COL0016807 - SANIDAD DEL CAMARON
dc.coverage.projectdates	2013-2016	spa
dc.coverage.spatial	Caribe (Región) (Colombia)
dc.date.accessioned	2020-10-21T16:43:25Z
dc.date.accessioned	2020-12-17T23:48:06Z
dc.date.available	2020-10-21T16:43:25Z
dc.date.available	2020-12-17T23:48:06Z
dc.date.issued	2016-06-22
dc.description.abstract	La Cobia (Rachycentron canadum) es un recurso acuícola de importancia, con un gran potencial económico y alimentario tanto en Colombia como a nivel mundial. En Colombia, el cultivo de cobia se inició en el año 2008 y en la actualidad se producen más de 100 toneladas/año que se exportan en su totalidad. Paralelo a la implementación del cultivo en jaulas se han desarrollado la reproducción en ciclo cerrado, larvicultura y alevinaje. Sin embargo, en algunos ciclos de larvicultura se han presentado episodios severos de mortalidad asociados a la presencia de nódulos bacterianos en las branquias de las larvas. La secuenciación de los genes ribosomales de las bacterias aisladas de estos nódulos muestran una alta similaridad (>99%) con Endozoicomonas elysicola, hasta ahora desconocida como agente causal de patología en acuacultura. Si bien se han reportado secuencias de genes ribosomales de E. elysicola en corales y nemátodos marinos, su relevancia, dispersión y potencial infectivo y patógeno para otras especies marinas es desconocido. Este proyecto busca entender los factores que controlan la patogenicidad de este microorganismo por medio de métodos genómicos para determinar si hay factores de virulencia identificables y cómo influyen en la emergencia de la enfermedad. Para esto proponemos obtener secuencias genómicas enriquecidas de la cepa de Endozoicomonas presente en brotes de enfermedad, permitiendo la anotación y detección de genes asociados con virulencia, así como permitir asociar por transcriptómica, si hay genes activos relacionados con tal comportamiento. Paralelamente se estudiará la variación del microbioma asociado tanto al animal, como con agua y alimento vivo, así como las variaciones debidas a otros componentes ambientales, con el objeto de colectar y documentar tal información que pueden ayudar a explicar la aparición o represión del carácter patogénico. Estos estudios se llevaran a cabo mediante la secuenciación genómica de bacterias ambientales usando amplificación isotérmica, y con amplicones de ribosomales de region hipervariable V5-V6 empleando tecnologías de secuenciación masiva (MiSeq Illumina). Además, se empleará microscopia electrónica para el análisis estructural de los nódulos, para determinar si son formaciones intra o extracelulares. También proponemos obtener cultivos puros de esta cepa, como recurso adicional para descripciones fisiológicas y genéticas más detalladas y para poder determinar secuencias genómicas exclusivas que permitan su detección precisa y permitan contar con un método de diagnóstico temprano que facilite el control de la enfermedad.	spa
dc.format.extent	72 páginas.	spa
dc.identifier.instname	Colciencias	spa
dc.identifier.reponame	Repositorio Colciencias	spa
dc.identifier.repourl	http://colciencias.metabiblioteca.com.co	spa
dc.identifier.uri	https://colciencias.metadirectorio.org/handle/11146/39075
dc.language.iso	spa	spa
dc.relation.ispartofseries	Informe;
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dc.rights.creativecommons	https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/	spa
dc.subject.proposal	Cobia	spa
dc.subject.proposal	Endozoicomona	spa
dc.subject.proposal	Epiteliocistis	spa
dc.subject.proposal	Microbiota	spa
dc.subject.proposal	Patogenia	spa
dc.title	Estudio genómico, microbiómico y climático asociado al carácter patogénico de Endozoicomonas spp. sobre Cobia en el Caribe Colombiano.	spa
dc.type	Informe de investigación	spa
dc.type.coar	http://purl.org/coar/resource_type/c_93fc	spa
dc.type.content	Text	spa
dc.type.driver	info:eu-repo/semantics/report	spa
dc.type.redcol	https://purl.org/redcol/resource_type/PID	spa
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dcterms.audience	Estudiantes, Profesores, Comunidad científica colombiana, etc.	spa
dspace.entity.type	Publication
oaire.awardnumber	650756933988	spa
oaire.funderidentifier.colciencias	0391-2013
oaire.fundername	Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación [CO] Colciencias	spa
oaire.fundingstream	Programa Nacional en Ciencias del Mar y los recursos hidrobiológicos	spa
oaire.objetives	Estandarizar los protocolos de cultivo in vitro de la bacteria para facilitar el estudio de la patogénesis de esta enfermedad. -Determinar la composición de la microbiota tanto en las larvas en especial en las branquias como en agua y alimento vivo para determinar si existe una correlación entre esta y la patogenicidad de la endozoicomona -Diseñar un sistema de diagnóstico sensible y específico para facilitar la prevención y control de este patógeno mediante la identificación de secuencias específicas para el mismo. -Determinar si existe expresión diferencial de genes en la endozoicomona que puedan estar asociados a su virulencia.	spa