Publication: Estudio genómico, microbiómico y climático asociado al carácter patogénico de Endozoicomonas spp. sobre Cobia en el Caribe Colombiano.
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Date
2016-06-22
Authors
Salazar Vallejo, Marcela
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Abstract
La Cobia (Rachycentron canadum) es un recurso acuícola de importancia, con un gran potencial económico y alimentario tanto en Colombia como a nivel mundial. En Colombia, el cultivo de cobia se inició en el año 2008 y en la actualidad se producen más de 100 toneladas/año que se exportan en su totalidad. Paralelo a la implementación del cultivo en jaulas se han desarrollado la reproducción en ciclo cerrado, larvicultura y alevinaje. Sin embargo, en algunos ciclos de larvicultura se han presentado episodios severos de mortalidad asociados a la presencia de nódulos bacterianos en las branquias de las larvas. La secuenciación de los genes ribosomales de las bacterias aisladas de estos nódulos muestran una alta similaridad (>99%) con Endozoicomonas elysicola, hasta ahora desconocida como agente causal de patología en acuacultura. Si bien se han reportado secuencias de genes ribosomales de E. elysicola en corales y nemátodos marinos, su relevancia, dispersión y potencial infectivo y patógeno para otras especies marinas es desconocido. Este proyecto busca entender los factores que controlan la patogenicidad de este microorganismo por medio de métodos genómicos para determinar si hay factores de virulencia identificables y cómo influyen en la emergencia de la enfermedad. Para esto proponemos obtener secuencias genómicas enriquecidas de la cepa de Endozoicomonas presente en brotes de enfermedad, permitiendo la anotación y detección de genes asociados con virulencia, así como permitir asociar por transcriptómica, si hay genes activos relacionados con tal comportamiento. Paralelamente se estudiará la variación del microbioma asociado tanto al animal, como con agua y alimento vivo, así como las variaciones debidas a otros componentes ambientales, con el objeto de colectar y documentar tal información que pueden ayudar a explicar la aparición o represión del carácter patogénico. Estos estudios se llevaran a cabo mediante la secuenciación genómica de bacterias ambientales usando amplificación isotérmica, y con amplicones de ribosomales de region hipervariable V5-V6 empleando tecnologías de secuenciación masiva (MiSeq Illumina). Además, se empleará microscopia electrónica para el análisis estructural de los nódulos, para determinar si son formaciones intra o extracelulares. También proponemos obtener cultivos puros de esta cepa, como recurso adicional para descripciones fisiológicas y genéticas más detalladas y para poder determinar secuencias genómicas exclusivas que permitan su detección precisa y permitan contar con un método de diagnóstico temprano que facilite el control de la enfermedad.